形态学特征是被子植物分类的主要标准，花果的形态学特征最重要，根、茎、叶及其附属物（如毛被、鳞片等）也常作为分类标准。此外，解剖学方面的特征也常用作辅助性的分类标准，如木材结构、脉序。花粉形态、染色体形态和数量等，化学成分也已运用于植物分类学上。近年来更是发展起了植物分子系统学方法，通过对植物遗传系统的核基因组以及叶绿体基因组的研究来探讨植物系统发育和进化问题