南京目前运行中的地铁线路有1号线、2号线、3号线、4号线、7号线、10号线、S1号线、S3号线、S6号线、S7号线、S8号线、S9号线等。

　　地铁1号线途径栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，车站自北向南依次为：迈皋桥站、红山动物园站、南京站、新模范马路站、玄武门站、鼓楼站、珠江路站、新街口站、张府园站、三山街站、中华门站、安德门站、天隆寺站、软件大道站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、百家湖站、小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大•江苏经贸学院站、南京交院站、中国药科大学站。

　　地铁2号线沿线站点分别为鱼嘴站、天保街站、青莲街站、螺塘路站、油坊桥站、雨润大街站、元通站、奥体东站、兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、上海路站、新街口站、大行宫站、西安门站、明故宫站、明孝陵•苜蓿园站、中山陵•下马坊站、孝陵卫站、灵谷寺•钟灵街站、马群站、金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、中医药大学•羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站。

　　地铁3号线途径浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，车站自北向南依次为：林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。

　　地铁4号线是南京城市轨道交通线网中的一条骨干线，线路横贯南京东西，站点分别为龙江站、草场门站、云南路站、鼓楼站、鸡鸣寺站、岗子村站、金马路站、灵山站、仙林湖站。

　　地铁7号线工程（北段）起于鼓楼区幕府西路站，出站后线路站点有五塘广场站、幕府山站、晓庄站、万寿站、丁家庄站、丁家庄南站、尧化新村站、尧化门站、仙新路站。

　　地铁10号线途径浦口区、建邺区和雨花台区，车站由西至东分别为雨山路站、文德路站、龙华路站、南京工业大学站、浦口万汇城站、临江.青奥体育公园站、江心洲站、绿博园站、梦都大街站、奥体中心站、元通站、中胜站、小行站、安德门站。

　　南京至高淳城际快速轨道南京南站至禄口机场段（简称S1号线）车站自北向南依次为：南京南站、翠屏山站、河海大学·佛城西路站、吉印大道站、正方中路站、翔宇路北站、翔宇路南站、禄口机场站、空港新城江宁站。

　　宁和城际一期工程沿线设置景明佳园站、铁心桥站、春江路站、贾西站、油坊桥站、永初路站、平良大街站、吴侯街站、高庙路站、天保站、刘村站、马骡圩站、兰花塘站、双垅站、石碛河站、桥林新城站、林山站、高家冲站。

　　南京至句容城际轨道交通（以下简称宁句城际）工程起于南京东部综合换乘枢纽马群站，途径麒麟、汤山、黄梅、句容北部新城、句容城区，终于句容高铁站。

　　地铁S7号线线路车站依次为空港新城江宁站、柘塘站、空港新城溧水站、群力站、卧龙湖站、溧水站、中山湖站、幸庄站、无想山站。

　　南京至天长城际快速轨道泰山新村至金牛湖段（简称S8号线）车站由南至北分别为泰山新村站、泰冯路站、高新开发区站、信息工程大学站、 卸甲甸站、大厂站、葛塘站、长芦站、化工园站、六合开发区站、龙池站、雄州站、凤凰山公园站、方州广场站、沈桥站、八百桥站、金牛湖站。

　　宁高城际禄高段工程经江宁、溧水、高淳三个区，至高淳站。全线设车站6座，分别为翔宇路南站、铜山、石湫、明觉、团结圩、高淳站。