对于蕨类植物的分类系统，由于植物学家意见不一致，过去常把蕨类植物作为一个门，其下5个纲，即松叶蕨纲、石松纲、水韭纲、木贼纲(楔叶纲)、真蕨纲。前四纲都是小叶型蕨类植物，是一些较原始而古老的蕨类植物，现存在较少。真蕨纲是大型叶蕨类，是最进化的蕨类植物，也是现代极其繁茂的蕨类植物。我国的蕨类植物学家秦仁昌将蕨类植物分成5个亚门，即将上述5个纲均提升为亚门。

高等植物中比种子植物较低级的一个类群。旧称“羊齿植物”。在古生代泥盆纪、石炭纪，多为高大乔木，二叠纪以后至三叠纪时，大都绝灭，大量遗体埋入地下形成煤层。现代生存的大部为草本，少数为木本。植物体有根、茎、叶之分，有维管束，不具花，以孢子繁殖。孢子落地萌发成原叶体，其上产生颈卵器，受精卵在颈卵器内发育成胚胎。世代交替明显，无性世代占优势。我国多分布于长江以南各地。如铁线蕨、卷柏、贯众、 肾蕨、满江红、鳞木和桫椤等属之,约12000种，我国约有2600种，多种蕨类植物可供食用（如蕨，紫萁），药用（如贯众、海金沙）或工业用（如石松）。

蕨类植物系统分类方法

松叶蕨纲 Psilotopsida　　瓶尔小草目 Ophioglossales　　松叶蕨目 Psilotales木贼纲 Equisetopsida　　木贼目 Equisetales合囊蕨纲 Marattiopsida 合囊蕨目 Marattiales 真蕨纲 Pteridopsida　　紫萁目 Osmundales　　膜蕨目 Hymenophyllales　　里白目 Gleicheniales　　沙草蕨目 Schizaeales　　槐叶苹目 Salviniales　　桫椤目 Cyatheales　　水龙骨目 Polypodiales