1、滇池:滇池曾被誉为“高原明珠”，是中国西南地区最大的湖泊。湖泊面积300平方公里，流域面积2920平方公里，平均水深4.4米，最深处为10米，蓄水量为12.9亿立方米。平均水资源量5.7亿立方米，属水资源缺少地区，且年际变化大，存在连续丰水、连续枯水长周期变化的特点。滇池流域包括昆明市五华、盘龙两城区和官渡、西山、晋宁、呈贡、嵩明五个郊县区的41个乡镇。滇池是中国西南地区最大的湖泊，湖泊面积300平方公里；洱海是云南省第二大湖泊，湖泊面积250平方公里；抚仙湖是中国第二深水湖，最大水深157.3米，平均水深87米；泸沽湖是中国第三深水湖，最大水深93.5米，而且至今尚未受到污染，仍保持原始状况。

2、大理洱海:洱海是我省第二大高原湖泊，湖泊面积250平方公里，流域面积2565平方公里，平均水深20.5米，蓄水量28.8亿立方米，多年平均水资源量8.25亿立方米，大小入湖河流117条，1999年洱海水质ⅱ类。洱海流域主要包括大理市和洱源县18个乡镇。

3、玉溪澄江抚仙湖:抚仙湖是我国第二深水湖泊，是我省蓄水量最大的湖泊。湖泊面积212平方公里，流域面积674.69平方公里，最大水深157.3米，平均水深87.0米，蓄水量189.3亿立方米，其中大的河道有27条，湖水经海口河流入南盘江。

4、丽江永胜程海:又称为黑乌海，是一个内陆封闭型高原深水湖泊，位于云南省永胜县中部，位于永胜县城以南46公里处；程海南北长而东西窄，湖水面积77.2平方千米，海拔1503米，平均水深25.9米，最深36.7，蓄水量19.87亿立方米；南北长20千米，东西平均宽4千米，湖岸线长45.1千米。

5、泸沽湖:泸沽湖位于云南省西北部和四川省西南部的两省交界处，是我国第三大深水湖泊。湖面面积50.1km2，其中云南境内30.3km2。流域面积247.6平方公里，云南部分107平方公里。最大水深93.5米，平均水深40.3米，蓄水量22.52亿立方米。泸沽湖云南部分属丽江地区宁蒗县永宁乡落水行政村，主要居住着摩梭人、彝族和普米族。

6、玉溪杞麓湖:杞麓湖是一个封闭型高原湖泊，湖泊面积35.9平方公里，流域面积354.2平方公里，最大水深6.8米，平均水深4米，蓄水量1.7亿立方米。主要入湖河流三条，洪水年湖水经湖东南面的岳家营落水洞岩溶裂隙泄洪至曲江。

7、玉溪星云湖:星云湖是抚仙湖的上游湖泊，通过2.2公里的隔河与抚仙湖相联。湖泊面积34.7平方公里，流域面积386平方公里，平均水深5.91米，最大水深9.5米，蓄水量1.84亿立方米。大小入湖河流十四条。

8、玉溪阳宗海:阳宗海距昆明36公里，有326国道（即昆河公路）经过，地跨澄江、呈贡、宜良三县之间，因大理国时强宗部落居住（后讹为阳宗）而得名。明、清时称为明湖，湖面形如一只巨履，两头宽，中部略窄，海拔1770米，南北长约12公里，东西宽约3公里.湖面积30平方公里，平均水深22米，最深30米。阳宗海为高原断陷湖泊，湖岸平直，湖底凹凸不平，有岩洞暗礁，水色碧绿，透明度高，为淡水湖，湖内盛产著名的金线鱼。湖水主要来自周围汤泉河及雨水聚积。

9、红河异龙湖:异龙湖是九个湖泊中最小的湖泊，湖泊面积30.63平方公里，流域面积360.4平方公里，平均水深2.75米，最大水深6.55米，蓄水量1.13亿立方米。