零阶段 母本的选择和处理  

在组培实验开始前，必须慎重选择母本材料。母本的品种/物种特性要典型，没有任何病害迹象。需要考虑对母本材料进行一定处理，以降低stage 1 的外植体污染率。适当的环境条件或化学试剂处理有可能提升后续组培阶段的生长、形态发生和增殖率，例如一定的高温处理、细胞分裂素和/或赤霉素的喷施。对母本可能携带的细菌和病毒进行检测是商业化植物组织培养的必要环节，但常常被忽略了。

第一阶段 无菌培养体系的建立

本阶段主要是建立起外植体的无菌培养体系。成功的标志是外植体没有微生物污染，并且有一定的生长，例如茎尖的生长或愈伤组织的形成。本阶段通常会有大量的外植体接种，经过短期培养应该将有污染出现的培养容器丢弃掉，不再继续培养。本阶段只要获得目标数量的无污染，其表现生长的外植体即可，不需要100%的成功率。

第二阶段 繁殖体的增殖

本阶段主要目标是扩增繁殖体的数量。例如，侧芽的生长，不定芽的产生，体细胞胚的形成和微型储藏器官（块茎和鳞茎）的形成。本阶段产生的繁殖体通常再次进入增殖循环中，以扩增到需要的数量。

第三阶段 移栽前培养

Stage Ⅱ产生的小苗或者芽（shoots）通常不具备在基质中自主生长的能力。在stage Ⅲ，需要通过一些培养措施使得这些小苗产生足够的光合能力。有些植物需要在stageⅢ进行特殊处理以避免生长停滞或休眠。

生根培养是stage Ⅲ的重要工作。通常需要将芽转入生根培养基中进行生根。有的情况下，在生根培养前，需要将芽培养到足够的长度。为了降低成本，有很多实验室会将未生根的芽转出组培瓶外进行生根培养。

第四阶段 移栽驯化

本阶段为组培苗从组培瓶转入温室驯化培养。本阶段至关重要，如果操作不当，会造成大量损失。主要的原因有两个：

1. 组培苗容易失水死亡。组培苗通常在高湿度和低光强条件下培养，叶片表面的蜡质未形成。组培苗的气孔在遇到湿度降低时可能不会闭合。以上原因会导致组培苗在移栽后迅速失水死亡。

2. 组培苗以蔗糖为碳源且处于低光强下，光合能力较弱。如果在移栽后短时间内不能形成光合能力，也会出现死亡。

通常组培苗从组培容器中取出后需要洗净根上的琼脂，转入移栽基质中。在驯化早期，需要高湿度和低光强的条件，随后逐渐减低湿度和增加光强，直到适应温室环境。